O Centro rege-se pelos seus Estatutos e Regulamentos Internos, pelos acordos, protocolos e memorandos de entendimento celebrados com entidades externas, ou demais disposições a que esteja vinculado por força de lei, contrato ou título, e pelas deliberações e directivas emanadas pelos seus órgãos de governo.
O Centro dispõe de um Código de Ética e um Código de Conduta e Disciplina, visando firmar, com transparência e objectividade, normas internas sobre as questões da ética, da deontologia, da disciplina, e demonstrar, interna e externamente, os fundamentos com que conduz a sua actuação.
O Centro é dotado de uma estrutura organizativa interna, conformada por unidades de serviço e unidades de desenvolvimento que asseguram, num quadro alargado de actividades técnicas e administrativas, conjuntamente com os recursos humanos e órgãos de governo existentes, o seu regular e contínuo funcionamento.
